Comentario
El paso de Celestino IV por la cátedra de San Pedro fue fugaz. Dos años tuvieron que transcurrir para que fuera elegido un nuevo Pontífice: el hábil diplomático Sinibaldo de Fieschi que tomó el nombre de Inocencio IV (1243-1254). Los contactos mantenidos con el emperador durante los primeros meses de su gobierno no fueron más que el prólogo para la apertura de ese gran concilio que todos esperaban. Pero el escenario esta vez no sería Roma, ciudad demasiado insegura para el Pontífice, sino Lyon. La ciudad del Ródano, aunque vasalla del emperador, estaba cerca del reino de Francia que, con su neutralidad, otorgaba ciertas garantías
La bula de convocatoria hablaba de los problemas (cinco llagas) que era necesario tratar los pecados de los cristianos en general, el riesgo de las últimas posiciones en Tierra Santa, las relaciones con los cismáticos griegos, el peligro tártaro y las diferencias con el emperador.
Aunque el primer punto (identificado grosso modo con la reforma en general) era tema capital en las preocupaciones conciliares, acabó siendo la quinta llaga la que despertara mas apasionada controversia. En defensa del emperador actuó con firmeza el juez de la corte Mateo de Suessa. Exculpó a su señor de las acusaciones compendiadas por el obispo Pedro de Ceriñola y el episcopado español: violación de juramento, sacrilegio y sospecha de herejía
La bula de deposición lanzada contra el emperador -Ad apostolicae dignitatis-añadía una cuarta acusación más: la de incumplimiento por parte de Federico de sus obligaciones de vasallaje hacia el Papado por el reino de Sicilia. La solemne condena del emperador y la incitación a emplear contra el todo tipo de armas espirituales o materiales se hacia -reza el texto- "con la única intención de obtener la paz".
Nada más lejos de conseguirse. A la clausura del I Concilio de Lyon la guerra se recrudeció en todos los frentes. Federico contraatacó en el terreno de las ideas acusando a las padres de Lyon de haber obrado contra las reglas del derecho vigente. Inmediatamente se erigía, frente al Papa, en el abogado de una "Eclessia spiritualis" sin poderes políticos y fiel a los primitivos ideales evangélicos. La propaganda pontificia replicó con idéntica fuerza. Una discutida encíclica -Aeger cui lenia- exponía claramente las pretensiones papales a legislar sobre toda la Cristiandad en virtud de la "legatio generalis" obtenida de Cristo.
En los campos de batalla acabó desarrollándose, asimismo, una guerra a muerte a la que el pontificado dio los tintes de una auténtica cruzada. En Alemania, los enemigos de Federico II ofrecieron la Corona al landgrave de Turingia Enrique Raspe y, tras su muerte, a Guillermo de Holanda. En Italia, güelfos y gibelinos se combatieron con extraordinario encono. En febrero de 1248 las tropas imperiales sitiadoras de Parma sufrieron una grave derrota. Federico se desplazó hacia Nápoles en donde la suerte de las armas empezaba también a serle adversa: el propio Piero della Vigna, acusado de conspiración, fue ejecutado. La derrota de Enzio de Cerdeña a manos de los boloñeses en Fossalta fue otro fracaso más.
El 13 de diciembre de 1250, en medio de un clima de violencia generalizada, fallecía Federico II. Como heredero del Imperio y de Sicilia dejaba a su hijo Conrado. Decisión no respetada por Inocencio IV que siguió apoyando a Guillermo de Holanda. No menor preocupación para el Papa era el Sur de Italia en donde se había hecho fuerte un hijo bastardo de Federico II Manfredo. Inesperadamente se produjo la muerte (abril de 1254) de Conrado IV que dejaba como heredero a un niño conocido como Conradino. Era una buena oportunidad para Inocencio IV que puso al muchacho bajo su tutela. El fallecimiento del Papa unos meses más tarde (diciembre de 1254) clausuraba toda una época de enfrentamiento entre los Pontífices y los Staufen (la "raza de víboras", según la propaganda güelfa) pero abría otra en la que nuevas fuerzas políticas hacían su aparición.